Package: R.methodsS3
Version: 1.6.1
Depends: R (>= 2.2.0)
Imports: utils

Package: R.oo
Version: 1.18.0
Depends: R (>= 2.4.0), R.methodsS3 (>= 1.6.1)
Imports: methods, utils
Suggests: tools

Package: R.utils
Version: 1.29.8
Depends: R (>= 2.5.0), R.oo (>= 1.17.0)
Imports: utils, methods, R.methodsS3 (>= 1.6.1)
Suggests: digest (>= 0.6.4)

Package: R.matlab
Version: 2.2.3
Depends: R (>= 2.5.0)
Imports: utils, R.methodsS3 (>= 1.6.1), R.oo (>= 1.17.0), R.utils (>= 1.29.8)
Suggests: Matrix, SparseM

Package: matrixStats
Version: 0.8.14
Depends: R (>= 2.9.0)
Imports: methods, R.methodsS3 (>= 1.5.2)

Package: R.devices
Version: 2.8.2
Depends: R (>= 2.10.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.5.2), R.oo (>= 1.15.8), R.utils (>= 1.28.4), base64enc (>= 0.1-1)
Suggests: digest (>= 0.6.4), R.rsp (>= 0.9.28)

Package: R.cache
Version: 0.9.2
Depends: R (>= 2.5.0)
Imports: utils, R.methodsS3 (>= 1.6.1), R.oo (>= 1.17.0), R.utils (>= 1.28.4)
Suggests: digest (>= 0.6.4)

Package: R.rsp
Version: 0.15.0
Depends: R (>= 2.5.0), R.oo (>= 1.18.0)
Imports: stats, utils, tools, R.methodsS3 (>= 1.6.1),
         R.utils (>= 1.29.8), R.cache (>= 0.9.0)
Suggests: tcltk, digest (>= 0.6.4),
          ascii (>= 2.1), markdown (>= 0.6.4), knitr (>= 1.5),
          R.devices (>= 2.8.2), base64enc (>= 0.1-1)

Package: PSCBS
Version: 0.40.4
Depends: R (>= 2.15.0), utils
Imports: R.methodsS3 (>= 1.6.1), R.oo (>= 1.17.0), R.utils (>= 1.29.8), R.cache (>= 0.9.0), matrixStats (>= 0.8.14), DNAcopy (>= 1.32.0)
Suggests: aroma.light (>= 1.30.5), Hmisc (>= 3.14-0),
  R.rsp (>= 0.9.28), R.devices (>= 2.8.2), ggplot2 (>= 0.9.3.1)

Package: R.huge
Version: 0.8.0
Depends: R (>= 2.10.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.6.1), R.oo (>= 1.18.0), R.utils (>= 1.29.8)
Date: 2014-02-25

Package: aroma.apd
Version: 0.5.0
Depends: R (>= 2.15.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.6.1), R.oo (>= 1.18.0), R.utils (>= 1.29.8), R.huge (>= 0.8.0)
Suggests: affxparser

Package: R.filesets
Version: 2.4.0
Depends: R (>= 2.15.0), R.oo (>= 1.18.0)
Imports: stats, R.methodsS3 (>= 1.6.1), R.utils (>= 1.29.8), R.cache (>= 0.9.0), digest (>= 0.6.4)
Suggests: gtools (>= 3.3.0)

Package: aroma.light
Version: 1.28.0
Depends: R (>= 2.10.0), matrixStats (>= 0.5.3)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2)
Suggests: R.oo (>= 1.9.9), R.utils (>= 1.16.2), princurve (>= 1.1-11)

Package: sfit
Version: 0.3.0
Depends: R (>= 2.3.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.5.2)

Package: expectile
Version: 0.2.5
Depends: R (>= 2.3.0), R.methodsS3

Package: aroma.core
Version: 2.12.1
Depends: R (>= 2.15.1), R.utils (>= 1.29.8), R.filesets (>= 2.4.0), R.devices (>= 2.8.2)
Imports: utils, R.methodsS3 (>= 1.6.1), R.oo (>= 1.18.0),
        R.cache (>= 0.9.0), R.rsp (>= 0.15.0), matrixStats (>= 0.8.14),
        RColorBrewer (>= 1.0-5), PSCBS (>= 0.40.4)
Suggests: png (>= 0.1-7), Cairo (>= 1.5-5), EBImage (>= 4.0.0),
        preprocessCore (>= 1.20.0), aroma.light (>= 1.28.0),
        DNAcopy (>= 1.32.0), GLAD (>= 1.12.0),
        sfit (>= 0.1.8), expectile (>= 0.2.5),
        HaarSeg (>= 0.0.2), mpcbs (>= 1.1.1)

Package: aroma.affymetrix
Version: 2.12.0
Depends: R (>= 2.15.1), R.utils (>= 1.29.8), aroma.core (>= 2.12.1)
Imports: methods, R.methodsS3 (>= 1.6.1), R.oo (>= 1.18.0), R.cache (>= 0.9.0), R.filesets (>= 2.4.0), aroma.apd (>= 0.5.0), MASS, splines, matrixStats (>= 0.8.14)
Suggests: RColorBrewer (>= 1.0-5), preprocessCore (>= 1.20.0), affyPLM (>= 1.34.0), affy (>= 1.36.1), limma (>= 3.14.4), gcrma (>= 2.30.0), gsmoothr (>= 0.1.6), dChipIO (>= 0.1.1), Biobase (>= 2.18.0), oligo (>= 1.22.0), oligoClasses (>= 1.20.0), DBI (>= 0.2-7), pdInfoBuilder (>= 1.22.0), aroma.light (>= 1.28.0), affxparser (>= 1.30.2), AffymetrixDataTestFiles

Package: aroma.cn
Version: 1.5.0
Depends: R (>= 2.15.0), R.utils (>= 1.27.1), aroma.core (>= 2.11.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.5.2), R.oo (>= 1.15.8), R.filesets (>= 2.3.0),
         R.cache (>= 0.8.1), matrixStats (>= 0.8.12), PSCBS (>= 0.38.4)
Suggests: aroma.light (>= 1.28.0), DNAcopy (>= 1.30.0), GLAD (>= 1.12.0)

Package: aroma.cn.eval
Version: 0.4.0
Depends: R (>= 3.0.2), aroma.core (>= 2.11.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.5.1), R.oo (>= 1.15.8), R.utils (>= 1.27.1), matrixStats (>= 0.8.12), ROC (>= 1.38.0)
Suggests: R.rsp (>= 0.9.28)

Package: aroma.seq
Version: 0.1.19
Depends: R (>= 2.15.0), R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.10.1), R.utils (>= 1.17.2), R.filesets (>= 1.3.2), aroma.core (>= 2.6.7)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.10.1), R.utils (>= 1.17.2), R.filesets (>= 1.3.2)
Suggests: Biostrings (>= 2.26.2), ShortRead (>= 1.16.0), Rsamtools (>= 1.10.1), R.devices (>= 2.1.2)


Package: calmate
Version: 0.11.0
Depends: R (>= 2.15.0), R.utils (>= 1.27.1), aroma.core (>= 2.11.0)
Imports: utils, MASS, R.methodsS3 (>= 1.5.2), R.oo (>= 1.15.8), matrixStats (>= 0.8.12), R.filesets (>= 2.3.0)

Package: aroma.tcga
Version: 0.5.3
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.0), R.oo (>= 1.7.1), R.utils (>= 1.4.0), R.cache (>= 0.3.0), R.filesets (>= 0.8.0), aroma.core (>= 1.5.0)
Imports:
Suggests: gsubfn (>= 0.5-2), aroma.affymetrix (>= 1.5.0), XML (>= 2.8-1)

Package: dChipIO
Version: 0.1.1
Depends: R (>= 2.6.0)



Package: R.batch
Version: 0.6.1
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.2), R.oo (>= 1.9.3), R.utils (>= 1.12.1)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.2.2), R.oo (>= 1.9.3)
Suggests: R.devices (>= 2.1.1)


Package: R.menu
Version: 0.3.0
Depends: R (>= 2.10.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.5.2), R.oo (>= 1.15.8), R.utils (>= 1.27.1)


Package: R.filelocks
Version: 0.0.2
Depends: R (>= 2.8.0), R.methodsS3 (>= 1.0.3), R.oo (>= 1.4.5), R.utils (>= 1.1.6), digest (>= 0.3.1)


Package: aroma.Base
Version: 0.4.8
Depends: R (>= 2.3.0), R.oo, R.utils
Suggests: R.rsp






Package: R.basic
Version: 0.53.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3(>= 1.2.2), R.oo (>= 1.9.3), R.utils (>= 1.12.1)

Package: R.lang
Version: 0.23.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.utils (>= 1.5.8)

Package: R.colors
Version: 0.6.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.basic (>= 0.50.0)
Suggests: dichromat (>= 1.2-3)

Package: R.image
Version: 0.2.3
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.basic, grDevices
Suggests: rimage

Package: R.io
Version: 0.39.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.utils (>= 1.5.8)
Imports: R.utils (>= 1.5.8)
Suggests: R.basic (>= 0.50.0), R.lang (>= 0.22.0), R.graphics (>= 0.43.0)

Package: R.graphics
Version: 0.44.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.utils (>= 1.5.8), R.basic (>= 0.50.0), R.colors (>= 0.5.5)
Imports: R.utils (>= 1.5.8)
Suggests: R.io (>= 0.38.0), tcltk

Package: aroma
Version: 0.97.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.utils (>= 1.5.8), aroma.light (>= 1.16.0), R.graphics (>= 0.43.0)
Imports: methods
Suggests: boot (>= 1.2-43), R.basic (>= 0.50.0), R.io (>= 0.38.0), sma (>= 0.5.16)



Package: R.archive
Version: 0.2.0
Depends: R (>= 2.5.0), R.utils (>= 1.18.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.10.1), R.utils (>= 1.18.0)
Suggests: R.devices (>= 2.1.3)

Package: R.httpd
Version: 0.1.1
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.utils, tcltk

Package: R2
Version: 0.1.0
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.utils, R.rsp, R.httpd

Package: R.audio
Version: 0.6.2
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo

Package: R.native
Version: 0.1.4
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.utils

Package: R.ui
Version: 0.6.3
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.utils

Package: sma
Version: 0.5.17
Depends: Depends: R (>= 1.3.0)

Package: scatterPlots
Version: 0.0.2
Depends: R (>= 2.6.0), lattice
Imports: KernSmooth, RColorBrewer