Package: R.methodsS3
Version: 1.4.2
Depends: R (>= 2.2.0)
Imports: utils

Package: R.oo
Version: 1.13.5
Depends: R (>= 2.4.0), R.methodsS3 (>= 1.4.2)
Imports: methods, utils, R.methodsS3 (>= 1.4.2)
Suggests: tools

Package: R.utils
Version: 1.23.2
Depends: R (>= 2.5.0), R.oo (>= 1.13.0)
Imports: utils, methods, R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.13.0)
Suggests: digest (>= 0.6.3)

Package: R.cache
Version: 0.6.5
Depends: R (>= 2.5.0), R.utils (>= 1.18.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.10.1), R.utils (>= 1.18.0)
Suggests: digest (>= 0.5.2)

Package: R.devices
Version: 2.2.2
Depends: R (>= 2.10.0), R.utils (>= 1.23.2)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.13.0), R.utils (>= 1.23.2)
Suggests: digest (>= 0.6.3), R.rsp (>= 0.8.2)

Package: R.filesets
Version: 2.0.1
Depends: R (>= 2.6.0), R.oo (>= 1.11.7), R.utils (>= 1.19.5)
Imports: stats, R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.11.7), R.utils (>= 1.19.5), digest (>= 0.6.3)
Suggests: gtools (>= 2.7.0)

Package: R.matlab
Version: 2.0.0
Depends: R (>= 2.5.0), R.oo (>= 1.13.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.13.0)
Suggests: R.utils (>= 1.23.2), Matrix, SparseM

Package: R.rsp
Version: 0.9.6
Depends: R (>= 2.5.0), R.utils (>= 1.23.2)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.13.0), R.utils (>= 1.23.2)
Suggests: tcltk, tools, digest (>= 0.6.3), R.devices (>= 2.2.2), ascii, markdown, knitr

Package: matrixStats
Version: 0.8.1
Depends: R (>= 2.9.0)
Imports: methods, R.methodsS3 (>= 1.4.2)

Package: aroma.light
Version: 1.28.0
Depends: R (>= 2.10.0), matrixStats (>= 0.5.3)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2)
Suggests: R.oo (>= 1.9.9), R.utils (>= 1.16.2), princurve (>= 1.1-11)

Package: dChipIO
Version: 0.1.1
Depends: R (>= 2.6.0)

Package: R.huge
Version: 0.4.1
Depends: R (>= 2.10.0), R.utils (>= 1.12.1)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.9.8)

Package: aroma.apd
Version: 0.2.3
Depends: R (>= 2.2.0), R.utils (>= 1.12.1), R.huge (>= 0.4.1)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2)
Suggests: affxparser

Package: sfit
Version: 0.2.0
Depends: R (>= 2.3.0), R.methodsS3

Package: expectile
Version: 0.2.5
Depends: R (>= 2.3.0), R.methodsS3

Package: aroma.core
Version: 2.9.2
Depends: R (>= 2.14.0), utils, R.oo (>= 1.13.0), R.utils (>= 1.23.2),
         R.filesets (>= 2.0.1), R.devices (>= 2.2.2),
         R.rsp (>= 0.8.2), matrixStats (>= 0.6.2)
Imports: utils, R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.13.0), R.utils (>= 1.23.2), R.cache (>= 0.6.5), R.rsp (>= 0.8.2), matrixStats (>= 0.6.2), RColorBrewer (>= 1.0-5), PSCBS (>= 0.34.8)
Suggests: RColorBrewer (>= 1.0-5), png (>= 0.1-4), EBImage (>= 3.12.0),
        Cairo (>= 1.5-2), sfit (>= 0.1.8), expectile (>= 0.2.5),
        GLAD (>= 1.12.0), DNAcopy (>= 1.30.0), HaarSeg (>= 0.0.2),
        mpcbs (>= 1.1.1), aroma.light (>= 1.22.0), PSCBS (>= 0.34.8),
        preprocessCore (>= 1.18.0)

Package: aroma.affymetrix
Version: 2.9.0
Depends: R (>= 2.14.0), R.oo (>= 1.13.0), R.utils (>= 1.23.2), R.filesets (>= 2.0.1), aroma.core (>= 2.9.0), aroma.light (>= 1.22.0), aroma.apd (>= 0.2.3), R.rsp (>= 0.8.2), affxparser (>= 1.26.4)
Imports: methods, R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.13.0), R.cache (>= 0.6.5), MASS, splines, matrixStats (>= 0.6.2)
Suggests: RColorBrewer (>= 1.0-5), preprocessCore (>= 1.18.0), affyPLM (>= 1.32.0), affy (>= 1.32.0), limma (>= 3.12.0), gcrma (>= 2.28.0), gsmoothr (>= 0.1.5), dChipIO (>= 0.1.1), Biobase (>= 2.16.0), oligo (>= 1.20.0), oligoClasses (>= 1.20.0), DBI (>= 0.2-5), pdInfoBuilder (>= 1.22.0), AffymetrixDataTestFiles

Package: aroma.cn
Version: 1.3.3
Depends: R (>= 2.14.0), R.oo (>= 1.13.0), R.utils (>= 1.23.2), aroma.core (>= 2.8.0), aroma.light (>= 1.22.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.13.0), R.cache (>= 0.6.5), matrixStats (>= 0.6.2), PSCBS (>= 0.34.8)
Suggests: DNAcopy (>= 1.28.0), PSCBS (>= 0.34.8), GLAD (>= 1.12.0)

Package: aroma.cn.eval
Version: 0.3.0
Depends: R (>= 2.8.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.8.3), R.utils (>= 1.11.0), R.cache (>= 0.6.1), matrixStats (>= 0.4.3), aroma.core (>= 2.4.1)
Suggests: R.rsp (>= 0.7.1), ROC (>= 1.22.0)

Package: aroma.seq
Version: 0.1.19
Depends: R (>= 2.15.0), R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.10.1), R.utils (>= 1.17.2), R.filesets (>= 1.3.2), aroma.core (>= 2.6.7)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.10.1), R.utils (>= 1.17.2), R.filesets (>= 1.3.2)
Suggests: Biostrings (>= 2.26.2), ShortRead (>= 1.16.0), Rsamtools (>= 1.10.1), R.devices (>= 2.1.2)

Package: PSCBS
Version: 0.35.0
Depends: R.utils (>= 1.23.2)
Imports: utils, R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.13.0), R.utils (>= 1.23.2), DNAcopy (>= 1.27.2), R.rsp (>= 0.8.2)
Suggests: DNAcopy (>= 1.27.2), aroma.light (>= 1.22.0), matrixStats (>= 0.6.2), R.cache (>= 0.6.5), Hmisc (>= 3.10-1), ggplot2 (>= 0.9.3.1), R.devices (>= 0.2.2), R.rsp (>= 0.8.2)




Package: calmate
Version: 0.10.0
Depends: R (>= 2.10.1), R.utils (>= 1.19.3), aroma.core (>= 2.8.0)
Imports: utils, MASS, matrixStats (>= 0.6.2), R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.11.4), R.utils (>= 1.19.3), R.filesets (>= 1.9.0), aroma.core (>= 2.8.0)

Package: aroma.tcga
Version: 0.5.3
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.0), R.oo (>= 1.7.1), R.utils (>= 1.4.0), R.cache (>= 0.3.0), R.filesets (>= 0.8.0), aroma.core (>= 1.5.0)
Imports:
Suggests: gsubfn (>= 0.5-2), aroma.affymetrix (>= 1.5.0), XML (>= 2.8-1)



Package: R.batch
Version: 0.6.1
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.2), R.oo (>= 1.9.3), R.utils (>= 1.12.1)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.2.2), R.oo (>= 1.9.3)
Suggests: R.devices (>= 2.1.1)


Package: R.menu
Version: 0.2.1
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.9.9), R.utils (>= 1.16.2)

Package: R.filelocks
Version: 0.0.2
Depends: R (>= 2.8.0), R.methodsS3 (>= 1.0.3), R.oo (>= 1.4.5), R.utils (>= 1.1.6), digest (>= 0.3.1)


Package: aroma.Base
Version: 0.4.8
Depends: R (>= 2.3.0), R.oo, R.utils
Suggests: R.rsp






Package: R.basic
Version: 0.52.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3(>= 1.2.2), R.oo (>= 1.9.3), R.utils (>= 1.12.1)

Package: R.lang
Version: 0.23.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.utils (>= 1.5.8)

Package: R.colors
Version: 0.6.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.basic (>= 0.50.0)
Suggests: dichromat (>= 1.2-3)

Package: R.image
Version: 0.2.3
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.basic, grDevices
Suggests: rimage

Package: R.io
Version: 0.39.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.utils (>= 1.5.8)
Imports: R.utils (>= 1.5.8)
Suggests: R.basic (>= 0.50.0), R.lang (>= 0.22.0), R.graphics (>= 0.43.0)

Package: R.graphics
Version: 0.44.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.utils (>= 1.5.8), R.basic (>= 0.50.0), R.colors (>= 0.5.5)
Imports: R.utils (>= 1.5.8)
Suggests: R.io (>= 0.38.0), tcltk

Package: aroma
Version: 0.97.0
Depends: R (>= 2.10.0), R.methodsS3 (>= 1.2.1), R.oo (>= 1.7.4), R.utils (>= 1.5.8), aroma.light (>= 1.16.0), R.graphics (>= 0.43.0)
Imports: methods
Suggests: boot (>= 1.2-43), R.basic (>= 0.50.0), R.io (>= 0.38.0), sma (>= 0.5.16)



Package: R.archive
Version: 0.2.0
Depends: R (>= 2.5.0), R.utils (>= 1.18.0)
Imports: R.methodsS3 (>= 1.4.2), R.oo (>= 1.10.1), R.utils (>= 1.18.0)
Suggests: R.devices (>= 2.1.3)

Package: R.httpd
Version: 0.1.1
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.utils, tcltk

Package: R2
Version: 0.1.0
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.utils, R.rsp, R.httpd

Package: R.audio
Version: 0.6.2
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo

Package: R.native
Version: 0.1.4
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.utils

Package: R.ui
Version: 0.6.3
Depends: R (>= 2.0.0), R.oo, R.utils

Package: sma
Version: 0.5.17
Depends: Depends: R (>= 1.3.0)

Package: scatterPlots
Version: 0.0.2
Depends: R (>= 2.6.0), lattice
Imports: KernSmooth, RColorBrewer